<?php
$results = $modx->getDocumentChildren(
$id = 2,
$active = 1,
$deleted = 0,
'id, pagetitle, published, menuindex, deleted, hidemenu, menutitle',
$where = 'hidemenu = 0',
$sort='menuindex',
$dir='ASC',
$limit = ''
);
$menu1 = "<div id=\"menu1\">";
$menu2 = "<div id=\"menu2\">";
$output = "";
foreach($results as $key => $value) {
if (empty($modx->getChildIds($value["id"]) {
$menu2 .= $value["menutitle"]."|";
} else {
$menu1 .= $value["menutitle"]."|";
}
}
$menu1 = "</div>";
$menu2 = "</div>";
$output = "<div id=\"menu\">\n";
$output .= $menu1;
$output .= $menu2;
$output .= "</div>\n";
}
return $output;
?>
<?php
$sql = 'SELECT * FROM `modx_site_content` WHERE `template` =5';
$res=mysql_query($sql);
while ($row=mysql_fetch_array($res)) {
echo '<li>' ;
echo "".$row['pagetitle']."";
echo '</li>';
}
?>
а если примерно так (нужно подставить свои значения в id)
<?php
$results = $modx->getDocumentChildren(
$id = 2, //// id какого документа должно тут быть ? я так предполагаю, что id корня (в примере это док. "Столовая")?
$active = 1,
$deleted = 0,
’id, pagetitle, published, menuindex, deleted, hidemenu, menutitle’, //// это параметры которые трогать
$where = ’hidemenu = 0’,
$sort=’menuindex’, //// не буду
$dir=’ASC’,
$limit = ’’ //// вроде все так
);
$menu1 = "<div id=\"menu1\">"; //// это тоже понятно
$menu2 = "<div id=\"menu2\">";
$output = "";
foreach($results as $key => $value) {
if (empty($modx->getChildIds($value["id"]) {
$menu2 .= $value["menutitle"]."|"; //// что мы делаем в этом условии?
} else {
$menu1 .= $value["menutitle"]."|";
}
}
$menu1 = "</div>";
$menu2 = "</div>";
$output = "<div id=\"menu\">\n"; ///// вывод
$output .= $menu1;
$output .= $menu2;
$output .= "</div>\n";
}
return $output;
?>
<?php
$startId = $modx->runSnippet('UltimateParent');
$output = $modx->runSnippet('Wayfinder', array('startId'=>$startId, 'level'=>'1'));
return $output;
?>

Если добавить
echo $startId;
выводится правильный id?
html-код страницы, так как может быть все вывелось
Не знаю, что тут может не работать – может быть неверно вызывается этот дополнительный сниппет?
. 
<div id="menu"> [[Wayfinder? &startId=`17` &level=`1` &ignoreHidden=`true`]] </div>
<div id="sidebar"> <ul> [!LeftMenu!] </ul> </div>
Если разделы не в корне, надо задать при вызове UltimateParent параметр topLevel.