maimiさんはじめまして(dainitiさん、yamaさん遅くまでご苦労様です)。
【1】 一部ソース(タグ)が自動的に削除されてしまう ※左記コメントさせてください。
最初のdainitiさんの対処案に一票を投じたいと思います。
modx 側で編集する必要がないのであればページ設定のリッチテキストで編集のチェックをはずしてからいったん保存し再度編集時にはエディタのない状態でコードを貼り付けることができます。またはチャンクに iframe で囲ったコードを書いておきページから呼び出す方法もあります。テンプレートのコード内で[*content*]を iframe で囲むのが一番手っ取り早いかもしれません。
理由は以下の通りです。
1.valid_elementsによるtinyMCEのカスタマイズはリスクが高そう
tinyMCEがiframeを削除する理由は私もよく分かりませんが、セキュリティ上の危険性があったり、処理の完全性が保証できない、など、何らかの理由がそこにはあるのだろうと予想します。もしセキュリティ的な理由だとすると、iframeとその内蔵タグを強制的に許してしまうと、将来(この問題を忘れた頃に)、maimiさんがサイトでコメントを許しtinyMCEを一般閲覧者に使わせた時から、サイト固有の脆弱性を抱えてしまうのではないかと心配するからです(歳ゆえの取り越し苦労かもしれませんが・・・)。以前、他のシステムでtinyMCEの移植&チューニングをしたことがあるのですが、チューニングそのものは簡単でも、動作検証が大変で結局サンプル通りに戻した経緯があります。
2.Dreamweaver>>>tinyMCEをOKにしてもDreamweaver<<<tinyMCEがOKになるとは限らないから
Dreamweaverに慣れてるmaimiさんは、tinyMCEの操作性に違和感を感じてると思います(私がそうです)。
tinyMCEに食わせたHTMLコードは、tinyMCEが認識しやすいコードに書き換えられてしまう可能性が高く、tinyMCEで暫くメンテしたHTMLコードを逆にDreamweaverに戻した場合、ちゃんと編集できるか心配だからです(実際に試したわけではないので、試した人の意見を聞きたいところです)。