最後のコメントをした後で swfobject サンプルフォルダより2つのサンプルを見つけました。
スタティックパブリッシング：index.html
ダイナミックパブリッシング：index_dynamic.html
今まで index.html しか目に入っていなかったのですが index_dynamic.html を実行してみたところ IE7では表示の更新で毎回ちらつくようです。これは modx で利用する前にこのサンプルファイルを実行することで簡単に確認することができます。
swfobject.embedSWF を使った方法はswfobject1.5 まで薦められていた方法で 2.0 以降はスタティック方式が薦められているようです。moonnz さんが swfobject.embedSWF にこだわっている理由がよくわかりません。方法が別にあるならそちらも試してみないといつまでたっても問題は解決できません。この方法を変更しない限り IE でのちらつきをなくす方法はないと思います。
アドビデベロッパーセンターの中で紹介されている
サンプルファイル：
*
swfobject_examples.zip (ZIP, 116K)
をダウンロードすると SWFObject Generator というツールが入っています。こちらのデフォルトも static publishing になっておりこのツールを使うことで html コードを簡単に作成できるようです。
また、SWFObject 2 の必要条件として Flash Player 9またはそれ以降と指定されているので無理やり "7.0.0" と指定しているところも気になります。この場合アクセスしてきた人が Flash Player 7 だった場合に表示どころかアップグレートの案内も出ないといった結果になります。ひょっとしたら古いサンプルを参考にされているのではないでしょうか。
今、
http://www.dreampromotion.net/ を確認してもこちらが先のコメントでお勧めした方法もまだ試されていないようです。その結果「できませんでした、どうしてでしょう」という風に結論付けするのだけは遠慮願います。
