XHTML と AC_RunActiveContent.js、swfobject 同時に変えてしまっては本当の原因がわからなくなってしまいます。
・SWFObject（wmode:’transparent’が効いてない状態で調べ中です。）
・HTML 4.01（DOCTYPEだけ変えただけです。）
こちらは FireFox3 で見ていますがスムーズです。swfobject にしたのが効果ありということでしょうか。
SWFObjectで最初試してみましたところ
共通画像部分は描画されたまま画面推移するようになりましたが、
ときどき消える場合があり、
dainiti様の教えてくださった、
＞とりあえず上記の DOCTYPE の行をはずすだけで解決すると思います。
＞HTML 4.01とか別の宣言は入れておいたほうがいいでしょう。
も同時にトップページと映像製作ページにて試してみました。
しかし、ときどき消えるのは私のfirefox（バージョン2.0.0.20）では変わりませんでした。
またIE６では逆に各ページ一瞬消える現象になってしまいました。
実際にソースファイルもないのでこちらでは推測でしか意見が言えないのですが thr さんが紹介している flash を使ったHP は同じようにちらつくようです。
Modx公開サイト紹介でほかの方のFlash使用サイトはそういった
ところは見られないので、何かほかの原因なのでしょうか？
こちらのアドレスもわからないのでこちらでは比較のしようもありません。
しかし、
modxで構築していないFlashありのサイトでは
AC_RunActiveContent.jsもつかっており
共通画像部分は描画されたまま画面推移するのですが、
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="en" xml:lang="en">
<head>
<title>SWFObject 2 static publishing example page</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<script type="text/javascript" src="swfobject.js"></script>
<script type="text/javascript">
swfobject.registerObject("myId", "9.0.0", "expressInstall.swf");
</script>
</head>
<body>
<div>
<object id="myId" classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" width="300" height="120">
<param name="movie" value="test.swf" />
<!--[if !IE]>-->
<object type="application/x-shockwave-flash" data="test.swf" width="300" height="120">
<!--<![endif]-->
<div>
<h1>Alternative content</h1>
<p><a href="http://www.adobe.com/go/getflashplayer"><img src="http://www.adobe.com/images/shared/download_buttons/get_flash_player.gif" alt="Get Adobe Flash player" /></a></p>
</div>
<!--[if !IE]>-->
</object>
<!--<![endif]-->
</object>
</div>
</body>
</html>
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"> <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> <HTML> <HEAD> <META http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8"> <META http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css"> <TITLE></TITLE> </HEAD> <BODY> <P> <OBJECT id="xxx" classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" width="645" height="147"> <PARAM name="MOVIE" value="header.swf"> <PARAM name="QUALITY" value="high"> <EMBED src="header.swf" width="645" height="147" type="application/x-shockwave-flash"> </OBJECT> </P> あいうえおかきくけこさしすせそ<BR /> </BODY> </HTML>
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="ja" xml:lang="ja">
<head>
<title>SWFObject 2 static publishing example page</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<script type="text/javascript" src="swfobject.js"></script>
<script type="text/javascript">
swfobject.registerObject("myId", "9.0.0", "expressInstall.swf");
</script>
</head>
<body>
<div>
<object id="myId" classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" width="300" height="120">
<param name="movie" value="test.swf" />
<!--[if !IE]>-->
<object type="application/x-shockwave-flash" data="test.swf" width="300" height="120">
<!--<![endif]-->
<div>
<h1>Alternative content</h1>
<p><a href="http://www.adobe.com/go/getflashplayer"><img src="http://www.adobe.com/images/shared/download_buttons/get_flash_player.gif" alt="Get Adobe Flash player" /></a></p>
</div>
<!--[if !IE]>-->
</object>
<!--<![endif]-->
</object>
</div>
あいうえおかきくけこさしすせそ
</body>
</html>