yamaさん、こちらでもいろいろとコードをみているうちに気付いていました。
3.2.0からは、tinymce.fonctions.phpの１６７行目では
var cmsURL = '{$base_url}manager/media/browser/mcpuk/browser.php?Connector={$base_url}manager/media/browser/mcpuk/connectors/php/connector.php&ServerPath={$base_url}&editor=tinymce3&editorpath={$tinyURL}'; // script URL - use an absolute path!
とあるのが、3.1.0.1までは（１６５行目）で
var cmsURL = '{$tinyURL}/mcpuk/browser.php?Connector={$tinyURL}/mcpuk/connectors/php/connector.php&ServerPath={$base_url}&editor=tinymce3&editorpath={$tinyURL}'; // script URL - use an absolute path!
とあるのです。
で、modxのほうは0.9.6.1ではmanager/media/browser/のなかとassets/plugins/tinymce3101/のなかに/mcpuk/があり、managerにはbrowser.phpがなかったりしていました。これが0.9.6.2とtinymce3.2.0では統一されて、mcpukは/managerの中でのみということになっているようです。
（さらに0963ではまた異なっているのでしょうか。。。）
ということが分かったので、実は、0.9.6.1を使いながらも、tinymce3.2.0からtinymce.fonctions.phpをとってきて、/manager/のmcpukをmodx0.9.6.2のものにいれかえるというややこしいこともやってみたのですが、結局、もとにもどして、modx0.9.6.1+tinymce3.1.0.1に落ち着きました。
（ここで次に、fontendからリソースブラウザ（mcpuk）をつかって画像管理の問題が起こっています）
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