А что с правами?
Когда я ничего не трогал, было всё нормально, но потом что-то сделал не так и починил следующим образом: у всего каталога (рекурсивно для файлов и каталогов) с сайтом поставил владельцем того пользователя, от имени которого запускается сервер.
