При сохранении ресурса картинки должны оставаться на месте (это легко проверить: посмотрите в assets/components/phpthumbof/cache/), но чем больше там картинок, тем медленнее вообще работает phpThumbOf.
Попробуйте
pThumb вместо phpThumbOf. Он работает заметно шустрее, даже если картинок в кэше очень много. Его сниппет тоже называется phpthumbof и он работает аналогично (по идее : ), так что ничего в ваших шаблонах менять не придется. Правда, с ватермарками я не тестировал пока..
Документация только на английском, но если что обращайтесь. Resizer не включайте, он не поддерживает ватермарков.
Также есть пакет
phpThumbOn. Там все по-русски.