я думаю насчет поля parent, то есть теоретически если ресурс не помечен как удаленный (deleted = 0), но имеет удаленного родителя (parent) или прародителя, то его тоже не видно, но он сжирает ресурс при генерации кэша, так?
Наверно, хотя по идее когда удаляешь ресурс в админке, удаляются и его дети.
Не проще ли будет обновить MODX, или увеличить PHP memory_limit до нескольких сотен МБ и потом разобраться с ненужными ресурсами?
По-прежнему советую задать этот вопрос здесь:
http://community.modx-cms.ru/
Там хозяин (fi1osof) как раз любитель больших сайтов и эксперт по вопросам с ними связанным, наверно ему это будет интересно.
☆ A M B ☆