Неправильно генерятся ЧПУ

При переходе по ссылкам в первый раз получается правильный адрес "http://site.ru/page1/", а при следующем переходе адрес дописывается к уже существующему - "http://site.ru/page1/page2/" (должен быть "http://site.ru/page2/") и соответственно выдает 404.

Подскажите, почему так происходит?

У вас скорее всего стоит параметр use_alias_path (Использовать вложенные URL), который пытается делать вложенные url. Тут может помочь либо установка тега <base> в шаблон, либо перед ссылкой в чанке или шаблоне писать [[++site_url]][[~[[*id]]]], либо, что правильнее, указывать схему формирования url - [[~[[*id]]? &scheme=`full`]] или изменить системную настройку link_tag_scheme (Схема URL) с -1 на full, тогда все ссылки на сайте будут формироваться с полной схемой, т.е. http://sitename.ru/category/page.html.