Проблема решилась. Дело вот в чем.
Структура папок на сервере совпадала со структурой папок в дереве документов в админке modx. Так как включено "Use Friendly Alias Path", то при вводе FURL адреса сайт обращался к папкам на сервере, а не к базе данных modx. Там нет index файлов, поэтому выдавало ошибку 403 Forbidden. Если закинуть в папку на сервере любой index файл, то он его будет открывать.
Я сделал структуру файлов на сервере и в дереве документов разным и все заработало.
P.S. Уникальный случай, надо же было так совпасть...
