Нашел решение проблемы.
Все дело в css стилях. У кого похожая ситуация будет, объясняю на пальцах.
Во первых: не надо применять стили к li - wayfinder не понимает когда вы пытаетесь задать высоту (height) li.
Во вторых: нужно пОлно изучить параметры wayfindera. Меня спасло следующее: через rowTpl, innerRowTpl и innerClass - присвоил классы для: <li>, в которых <a>, в которых <span>. И уже в css можно мучить каждый класс (опять же, внимание на пункт 1).
Для этого статья:
http://www.julliet.ru/articles/menu-modx-wayfinder.html (не забудьте указать в href плейсхолдер, иначе по ее уроку все пункты на главную ведут)
В третьих: выражаю благодарность Василию Безумкину (найдете на просторах интернета), который откликнулся на просьбы незнакомого человека, ткнул пальцем и сказал: "Смотрите исходный код страницы, Wayfinder выводит разметку с дефолтными классами, возможно у вас в css что-то с их именами совпадает."
Надеюсь кому-то поможет. С уважением к modx-сообществу.
