Infatti, quando si esclude una risorsa usando $excludeDocs tutti i suoi "figli" vengono esclusi lo stesso.
Quel radoppiamento di "Home" non è molto bello. Se non è possible di cambiare l'albero: puoi convertire il "Home(1)" in un weblink alla risorsa "Home(132) (quella "vera e propria"). E preferibilmente nascondere la risorsa 132 nel menu.
C'è anche il parametro &categoryFoldersTpl con cui si può definire il output per tutte le risorse soddisfacendo le conditioni:
a) La risorsa a dei figli
b) Alla risorsa non è assegnato un Template
Se per esempio la &rowTpl contiene il chunk
<li [+wf.classes+] >
<a href="[+wf.link+]" title="[+wf.title+]" [+wf.attributes+]>[+wf.linktext+]</a>
[+wf.wrapper+]
</li>
prendi per &categoryFoldersTpl questo:
<li [+wf.classes+] >[+wf.linktext+][+wf.wrapper+]</li>
(senza il link).
Dunque basta assegnare nessuno Template a Home(1) per eliminare il link.
Alla domanda 2):
Per associare classi differenti ai elementi <li> dei livelli diversi, nel CSS devi definire regole così:
ul li.my_row_class_1 {....}
ul li ul li.my_row_class_2 {....}
ul li ul li ul li.my_row_class_3 {....}
ecc.
(Scusate il mio italiano un po arrugginito...)