Eftersom jag inte hitta en färdig lösning så fixade jag en egen under tiden...
Går att kalla på en fil istället för att skriva alla tecken, men nu var det inte så många att peta dit.
manager/media/browser/mcpuk/connectors/php/Commands/FileUpload.php
Hitta:
if ($_FILES['NewFile']['size']<($typeconfig['MaxSize']*1024)) {
$filename=basename(str_replace("\\","/",$_FILES['NewFile']['name']));
Lägg till efter:
$transliteration_table = array(
'å'=>'a', 'ä'=>'a','ö'=>'o','Å'=>'A','Ä'=>'A','Ö'=>'O',' '=>'_');
$filename = strtr($filename, $transliteration_table);
Edit: provade i 1.0.4 och där fungerar det också.