И судя по всему действительно воруют файлы паролей на фтп.
Я думаю нужно внести ясность.
Если у вас на компе троян, то пароль он может стащить от чего угодно. Другое дело, что кроме протрояненых индексов на вашем сервере, нет видимых проявлений того, что остальными паролями тоже воспользовались. Но сами понимаете, что это вовсе не значит, что этого не происходило или не произойдёт. Это первое.
По поводу FTP клиентов и шифрования.
На самом деле они все хоть как-то шифруют пароль (ТС - нет? позор ему!). Но шифруй не шифруй,
всё равно получишь x.. всё равно его нужно расшифровывать для передачи ftp серверу. Из этого автоматически следует, что физически всегда имеется возможность расшифровать пароль, нужно только разобраться с алгоритмом шифрования. К слову говоря, с алгоритмами используемыми в самых популярных программах, уже давно разобрались и написали кучу программ для
восстановления паролей.
Выходом можно считать шифрование с использованием (пользовательского) ключа. Для тех кто не в курсе: пароль шифруется с помощью другого пароля, который, в свою очередь, нигде не храниться или храниться неизвестно где (т.е. чтоб вместе с паролем, троян и его не подхватил, зная, что файл с ключами должен быть где-то рядом). Без ключа, пароль расшифровать невозможно.
А теперь последнее.
Вспомнив сколько лет протоколу ftp и глянув его спецификацию, мы узнаем, что
пароль в сеть передаётся в открытом виде. Из этого следует, что пусть вы имеете даже самый совершенный ftp клиент, который мастерски шифрует все пароли (и естественно никто не знает как), это всё равное не спасёт ваш пароль от кражи, если кто-то снифит (~перехватывает) ваш траффик.
Продолжая о клиентах.
Сам я, перебрав их несколько десятков, считаю лучшим и поэтому выбрал для себя — FTP Rush (ftprush.com). Правда приходится патчить каждую новую версию для исправления одной особенности, но это уже мелочь (я не имею ввиду жадность программы, этот порок само-собой приходится исправлять

).
После TC или FAR особых затруднений в использовании не будет (tab работает как надо

). Если же вы пользовались исключительно мышью, то вообще никаких сложностей возникнуть не должно.