Следующие опции для плагина paste спасают положение:
$tinymceInit .= " paste_remove_spans : false,\n";
$tinymceInit .= " paste_remove_styles : false,\n";
добавляем в tinymce.functions.php , в папке tinyMCE.
релевантно для tinyMCE v <3.2.3, т.к. в новых версиях tinyMCE новая версия плагина paste, и там есть более интересные опции, типа
paste_retain_style_properties : "color,font-size"