Решение проблемы, подсказанное топикстартером в личке, до оригинальности простое)))
Нужно в настройках указать верный путь (Интструменты -> Конфигурация -> Файл-мэнеджер -> Путь для файлового мэнеджера ) до корня "сайта", по простому говоря DOCUMENT_ROOT .
Посмотреть его можно тут: Отчёты -> Системная информация, кликаем на ссылке
просмотр напротив phpinfo(). В открывшемся окне ищём DOCUMENT_ROOT - именно это и есть правильный путь
Проблема актуальна, как говорят в английской части форума, только при апгрейде с 0.9.6.2 до 0.9.6.3. В это верю мало, ибо обновлялся с версии 0.9.6.3-RC2 и она вылезла ...
Всем спасибо за помощь )))