в файле ajaxSearchPopup.php, который используется при аяксовом поиске видно, что все переменные массива $_POST закидываются в массив $cfg, индексы которого совпадают с переменными, которые исп. при вызове самого снипета. Я добавил в ajaxSearch.class.inc.php в функцию run() строку кода
$this->cfg['listIDs'] = $_POST['listIDs'];
после
$this->setInputForm($validSearch,$searchAction);
Соответсвенно в $_POST[’listIDs’] передаем id документа, в котором хотим осуществить поиск.
<select name="listIDs">
<option>Весь сайт</option>
<option>Раздел 1</option>
<option>Раздел 2</option>
<option>....</option>
</select>
В принципе, можно так манипулировать и другими параметрами поиска.