Конечно, Jot можно настроить, чтобы все работало нормально, но от этого он не станет свободным от недостатков. Например, использование конструкции <div style= как-то не вяжется с современными тенденциями отделения стиля от содержимого. А конструкция <div style="float:right;width: 100px;"></div> лично мне вообще непонятна. Все это взято из chunk.form.inc.html, входящего в стандартную поставку.
А проблема автора темы может возникнуть из-за того, что подключается стандартный файл jot.css. Можно его отключить, а в своем файле css определить все элемнты как хочется.