<script type="text/javascript">
var so = new SWFObject("movie.swf","mymovie","200","100%","7","#336699");
so.addParam("quality", "low");
so.addParam("wmode", "transparent"); - при добавлении этого параметра все работает замечательно.
so.addParam("salign", "t");
so.write("flashcontent");
</script>