Можно, и достаточно просто.
Надо создать файл, например, admin.conf в каталоге /etc/apache2/conf.d/ со следущим содержимым:
Alias /manager /var/www
Alias /admin /var/www/manager
<Directory /var/www/manager>
Options FollowSymLinks
DirectoryIndex index.php
<IfModule mod_php5.c>
AddType application/x-httpd-php .php
php_flag magic_quotes_gpc Off
php_flag track_vars On
php_flag register_globals Off
php_value include_path .
</IfModule>
</Directory>
Теперь админка будет по адресу /admin, а при попытке перейти на /manager будет отображаться главная страница. При желании можно сделать редирект на 404.html или 403.html.