Сам сталкивался с точной такой же проблемой.
Решение (по крайне мере у моего хостера):
1) Зайти в ispmananger
2) Закладка World Wide Web, пункт WWW домены
3) Выбрать домен, нажать редактирование
4) Установить галку "Отключить ISPManager"
5) Через минут 5 можно пользоваться админкой MODx по обычному адресу