С внутренней страницы ставлю ссылку на главную страницу с ID=5, таким образом получаю линк <a href="[~5~]">.
В итоге получается ссылка вида <a href="5">.
Как сделать, чтобы была нормальная ссылка на главную? Интересует именно такая схема: <a href="[~5~]">
На ГЛАВНУЮ [(site_url)], на страницу с id 5 [~5~].
Я уже ответил, не надо повторять вопрос, лучше разбирайтесь в ответе – если хотите ссылку в стиле «домен сайта», пишите [(site_url)]. Если ставите [~5~], то генерируется относительный адрес страницы, причем если псевдоним пуст, в качестве псевдонима используется id страницы, то есть 5. При переходе по этой ссылке откроется страница с id равным 5, она может быть такой же, как и главная.