Вот я конечно не гуру, но для меня выход из ситуации, когда "хочется, но не рекомендуют" видеться в патче. организуйте все свои изменения в некий патч, и распространяйте его на свой страх и риск. То есть для пользователя алгоритм действий:
1. скачать оригинальный дистрибутив с сайта разработчика (чего они и просят, чтобы "самогонщики" не уводили у них статистика, ну и чего греха таить рекламу)
2. скачать ваш патч у вас. и накатить его на оригинальный дистрибутив.
3. и потом долго драть вам мозги по поводу все возникающих проблем. думаю, при удачном патче, вам здесь даже свою отдельную тему заведут.
как-то так. кстати, до сих пор не понятно, почему ребята с modx-cms.ru не дошли до этого. сделай они так и выбили бы основной аргумент у тех кто их критикует, в том числе и у меня. получится, что и "волки целы и овцы сыты".
p.s. кстати, такой патчик можно отправить разработчикам для анализа и размышления. правда, если в нем будут таки здравые мысли
btw, удачи!