уже не помню, как с 096 дела обстояли, но на 095 был необходим такой плугин
http://modxcms.com/SEO-Strict-URLs-1.0.1-1408.html
Я вообще не разбираюсь в том, что в .htaccess понаписано:) когда я столкнулся с аналогичной твоей проблемой, то просто почитал документацию в инете, сделал так, чтобы работало, как мне хочется, и забыл:)
сайт должен быть либо только с www либо без.
и такой момент: любой поисковик съест 2 (два) сайта, и ещё не известно, как скоро зеркала срастутся в базе, срастутся ли вообще, и поисковики не любят зеркала. есть риск, что вообще ни один сайт не будет полностью проиндексирован корректно, при этом какие-то страницы будут проиндексированы дважды, а какие-то не попадут в поиск ни в одном из вариантов. я вот по этим причинам заморочился в своё время.
машинка кеширует страницу из базы один раз, и будет она с префиксом или нет, зависит от того, с какого адреса на неё впервые зашли (до очистки кеша, понятное дело). и тут всё корректо, увеличивать кеш вдвое ни к чему.
upd: проблема с Яндексом очень частично решается директивой host в robots.txt.