Вообще, конечно, проще забить и забыть.
Т.к. никакого физического смысла ID не имеют.
Идентификатор - он на то и идентификатор, просто уникальная метка документа.
phpMyAdmin знаете, как пользовать? Тогда все получится:
1. Откройте phpMyAdmin
2. Перейдите в управление нужной базой данных;
3. На закладке "Экспорт" сделайте дамп (копию) своей БД, дабы в случае чего все можно было восстановить назад.
4. Вставьте следующий код на закладке "SQL":
TRUNCATE TABLE `prefix_site_content`;
при этом prefix надо заменить на свой, например так:
TRUNCATE TABLE `modx_site_content`;
5. Нажмите кнопку "Go" или "Пошел" и ждите чуда

6. Чудо свершилось - все документы удалены, индекс установлен на 1, т.е. как только создадите новый документ в MODx - он получит номер идентификатора = 1. Ну и далее по порядку.