У меня была такая же проблема: сайт работает в UTF-8, а база 1251. Соответственно, контент в этой базе лежит в UTf-8 — отсюда и крякозяблы. $database_connection_charset в конфиге было присвоено ’windows-1251’.
Один местный гуру

подсказал мне хитрый SQL запрос, которым я вылечил всю базу буквально за 10 минут. Запрос этот, правда, пришлось делать к каждой таблице отдельно, но благо таблиц содержащих кирилицу (её то и нужно исправлять) оказалось не так много.
После обработки, присвоил $database_connection_charset utf8 и успешно слил нормальный дамп.
Сам SQL-запрос на память не помню, а в логах он только на рабочей аське. Т.ч. ждёмс его сюда