Zrób przede wszystkim backup bazy danych - to po pierwsze. Po drugie zrób backup wszystkich plików modx’a którego aktualnie masz zainstalowanego i nie działa.
W tym momencie nawet jeśli nie uda się procedura upgrade’u MODx’a to zachowasz przynajmniej kontent - zawsze będziesz mógł go wykorzystać ponownie.
Następnie zagwarantuj wystarczającą ilość miejsca na dysku, aby nie powtórzyło się to co poprzednim razem.
Teraz rzecz najważniejsza - przeczytaj tę instrukcję:
http://wiki.modxcms.com/index.php/Upgrading_Guide
I rób wszystko to co masz tam opisane. W skrócie: backup, ściągnięcie nowej wersji modxa, nadpisanie starej wersji modxa nową, uruchomienie instalatora, przejście przez proces upgreadu.
Jeśli będziesz mieć szczęście i problem nie leży gdzieś indziej, to wszytko powinno działać.