そうですそうです、$modx->makeUrl(xxxx)のことです。
site_url出力に関するリンクまわりの問題についてはフォーラム内でもいくつか過去にあがっているのをみており、現バージョンのMODxではsite_urlまわりでハードコーティングされた箇所が多く、素直にhome/直下にインストールして使うのが無難という話は見ていたのですが、書き込みの対象バージョンが不明だったもので、最近では状況に変化がないものかと質問してみました。
home/sub/modx/にインストールして、
site_urlはconfig.inc.phpで指定、
htaccessで^modxへのアクセスをsub/modxにいかせてます。
こうすると(サンプルサイトのソース記述)
Wayfinderで生成される以外のリンクは正常にソース記述されますが
<a href="index.php?id=9" title="Mini-Blog HOWTO">Mini-Blog HOWTO</a>
Wayfinder生成のリンクはsite_url決め打では効かないようで以下のようになってしまう。
<a href="/sub/modx/index.php?id=2" title="Blog">Blog</a>
こう記述されるとリンク動作には問題ないが、隠したい/subが顔を出してしまう。