すみません、自己レスです。
MODx 0.9.5 (rev 2109 - Dec 06, 2006)
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* Updated Ajax Search and adding manager resource category deleting (1548)
とあったので、適当なリソースを作成して、「リソース一覧」から「削除」してみたら削除できました。
1. 適当なリソースを作って(あるいは既存のリソースを)、消したいカテゴリ(例えば「MySnippet」)に登録する。
2. 「リソース一覧」から消したいカテゴリ(「MySnippet」)の「削除」をクリック。
3. カテゴリが削除される。カテゴリに属していたリソースは、「カテゴリなし」になる。
4. 1で適当なリソースを作った場合はそれを削除する。
以上で一応、削除できました。
リソースが全く設定されていないカテゴリを削除する方法ってなかったでしょうか…