こんにちは。
CSSが適用されないというのは、Wayfinderの問題よりも
CSSの記述や、出力されているXHTMLの表記の問題
だと思います。
MODｘが生成したHTMLを見直してみると、分かるような
気がしますが。
MEGUさんがWayfinderについては詳しくまとめて
らっしゃいますので、もう一度見直してみたらどうでしょうか？
（※すでに見てらっしゃるのでしたら、アドバイスできなくてごめんなさい。）
http://www.liolion.info/modx/resource/Wayfinder.html
あと、関係ないかもしれませんが、IE6以前のブラウザで
XHTMLのページをみるとCSSが崩れることがあります。
http://journal.mycom.co.jp/special/2007/ie7/006.html
自分はUAがIE6の時は<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
を削除しています。
