kenです。
zeroさん、有難うございます。
RewriteCondに下のようなのを追加したらいけるかも
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^test/.*
ということで、
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^test/subdir/.*
RewriteRule ^(.*)$ index.php?q=$1 [L,QSA,NC]
としたり(testの中のあるディレクトリに.htaccessが入っているので)、
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^test/.*
としてみましたが、どちらでもmodxの404が返ってしまいますね。
{REQUEST_URI}だけでなく、{REQUEST_FILENAME}でも試しましたが、だめでした。
以前modxインストールディレクトリにある.htaccessを有効にさせ、その配下にあるとあるディレクトリ(/test)にはmodxのrewriteを有効にさせたくなかったため、
その配下にある.htaccessに、
Satisfy Any
Allow from all
とだけ書いた場合は、.htaccessが無効になったので、BASIC認証まわりをよく見れば、何かいい案が浮かぶかもしれません。
色々試してみます。何か進展しましたらご報告させていただきます。