PHPの設定でshort_open_tagがOFFの状態だと管理画面のページの編集のところでうまく動作しないところが出てくるようです。
具体的にはページの編集でタイトルや内容は変更できるのですが、公開・キャッシュ・検索の有無のチェックボックス系の変更がJavaScriptのエラーできません。
(一見変更できたように見えても変更されないです)
MODxのバージョン0.9.2.1で確認しました。
解決としては以下のファイルの315行目付近のPHPのタグを少し変えるだけでした。
[対象ファイル]
./manager/actions/dynamic/mutate_content.dynamic.action.php
[変更前]
if (confirm('<?=$_lang['tmplvar_change_template_msg']?>')){
[変更後]
if (confirm('<?php echo $_lang['tmplvar_change_template_msg']?>')){
この不具合は前に指摘されて見たいですが、単にまだ修正されていないだけでしょうか…?
[参考URL]
http://modxcms.com/bugs/task/329?tasks=last
実はこの原因がわかるまでしばらくハマってしまったので、他にハマる方がいないように投稿してみました

(最初はJavascriptがおかしいと思ってずっと見当違いのところを調べてたのがまずかったのですが :’()