[rtl][right]
היה לי היום זמן לחפור ולמצוא את שורש הבעיה, מסתבר שבנוסף להגדרות הנכונות ב-TransAlias Plugin צריך גם להגדיר את הלוקל של php ככזה שתומך ב-utf8.
הדרך הכי פשוטה היא להוסיף בתחילת הקובץ index.php את השורה:
[ltr]
setlocale(LC_ALL, 'he_IL.UTF-8');
[rtl][right]
הבעיה היא שצריך כל פעם שמעדכנים גרסה של modx לזכור להוסיף את זה. אני מקווה שבעתיד יהיה לי פתרון יותר טוב.