Hauptsächlich der "Assets" Ordner. Und natürlich Teile davon.
Der "images" Ordner, und alle darin befindlichen Dateien.
Manchmal Teile vom "manager" Ordner und dann natürlich auch der Ordner selbst.
Ich habe das so erklärt bekommen: Da ich ja nicht der Hauptbenutzer auf meinem Server bin und auch keinen Root Zugriff hab, kommt es eben vor, dass der Server quasi die Benutzerberechtigung für einzelne Objekte übernimmt.
Soweit ich das nun nachvollziehen und provozieren konnte waren es hauptsächlich Ordner, in die das Programm oder der User "hineinschreiben" kann.
Wenn da schon mal ein Bild auf den Server gespielt wurde - und zwar über ModX oder T3, egal, ist bei beiden gleich, dann kann ich das nicht mehr löschen.
Die Original Antwort des Providers:
Der Ordner wurde gelöscht. Der Ordner ist für sie nicht löschbar, weil ein Skript einen Ordner dort erstellt hat, und das mit den Rechten des Webservers. Ein ähnliches Skript könnte den Ordner auch wieder löschen, bei vorgefertigten Lösungen ist häufig ein Deinstallationsroutine enthalten.
Daher muss ich, wenn ich das CMS neu aufsetzen will / muss, immer meinen Provider bitten, das Ding bzw. eben bestimmte Ordner zu löschen.
Ist das, glaubst Du ein großes Drama ein Deinstallationsscript zu machen?