Hab im Moment grad keine Zeit, das selber auszuprobieren, aber hier mal ein Anhaltspunkt:
Info aus
http://wiki.modxcms.com/index.php/Wayfinder :
&categoryFoldersTpl
the template chunk for category folders, category folders are determined by setting the template to blank or by setting the link attributes field to rel="category"
Placeholders
same as rowTpl
Example
<li[+wf.classes+]><a href="[+wf.link+]" title="[+wf.title+]">[+wf.linktext+]</a>[+wf.wrapper+]</li>
Wenn ich das recht verstehe, solltest Du also alle deine Ordner, die nur "Behälter" sind, als category folder deklarieren (siehe oben) + ein eigenes Template dazu erstellen.
Also z.B.
<li[+wf.classes+]><a href="[+wf.link+]"
onClick="toggleSubnav(); return false;">[+wf.linktext+]</a>[+wf.wrapper+]</li>
Je nachdem wie dein JS-Menu halt funktioniert...
Probier’s einfach mal aus, sollte eigentlich gehen.