Merci pour les réponses rapides.
La limite en question ne concerne pas la taille des fichiers mais les extensions. En gros, les fichiers avec des extensions peut communes pour le web sont interdite, mais leur autorisation peut-être demandée.
Pour iso-lat1.ent, mon site est en UTF8, mais si vous dites que c’est lié à FCK Editor, je me demande ce qu’il y fait. J’ai installé la dernière version (pas de maj) et c’est TinyMCE qu’il y avait comme éditeur et non FCK Editor (qu’il y avait avec l’ancienne si je ne m’abuse). Ou alors je confond avec autre chose.

Pour le moment je n’ai aucun problèmes de caractère sur mon site. Je demanderais a des amis de tester au cas ou.
Ensuite, je n’ai qu’un site perso et le référencement n’est pas mon but ni une nécessité, donc je n’utilise pas les URL simplifiées. Donc ça me rassure que les htaccess ne sont pas là pour la sécurité mais juste pour les URL simplifiées.
Encore merci.