こんにちは
私も最近 ver0.9.6.1 をインストールしたので、ログを追ってみましたところ、
同様の「ファイルが存在しないエラー」が記録されていました。
特に実害はなさそうな感じ？なので、無視しても大丈夫だと思います。
ちなみに、私の環境では以下のファイルでエラーが記録されていました。
（1）/modx/manager/media/images/icons/save.gif
（2）/modx/manager/media/images/misc/dot.gif
（3）/modx/assets/plugins/tinymce212/jscripts/tiny_mce/plugins/visualchars/langs/ja_utf-8.js
（4）/modx/assets/plugins/tinymce212/jscripts/tiny_mce/plugins/nonbreaking/langs/ja_utf-8.js
ついでにリファラなどから調べてみたところ、
（1）は、管理画面用の画像ファイル
（2）は、インストール画面用の画像ファイル
（3）（4）は、TinyMCE の日本語化用ファイル
のようです。
----- 以下、やや詳細 -----
（1）は、管理画面の「ドキュメントの作成／編集」画面の「プレビュー」タブ内で表示される
ここには最後に保存した内容をプレビューしています。 保存と再描画を行うにはここをクリックしてください。
の「保存と再描画」の前に表示する画像のようです。
HTMLから推測して、単にアイコンを表示させたいためのようなので無視しても害はないと思います。
（2）は、installフォルダ内の style.css で呼び出されている画像です。
CSSの記述から推測して、単にリストマークを表示させたいためのようなのでこちらも無視して害はなさそう。
画像に関しては、存在しないものが他にもあるかもしれません。
少し時間がかかるかもしれませんが、一括検索のできるテキストエディタなどで、
「manager/media/images」をキーワードに、「managerフォルダ」を対象に検索すれば、
他に抜けているファイルも分かるかも。（すみません、まだ試してません）
（3）（4）は、TinyMCEのボタンの説明などを日本語化するファイルのようです。
確かに、en.js 以外が存在していません。
kentanさんがおっしゃる通り、en.js をコピーして、ja_utf-8.js にリネームすればエラーは解消すると思います。
それぞれの en.js の中身は、
tinyMCE.addToLang('visualchars',{
desc : 'Visual control characters on/off.'
});tinyMCE.addToLang('nonbreaking',{
desc : 'Insert non-breaking space character'
});
となっていますので、desc:以降のシングルクォート内を日本語に書き換えてリネームすれば、
実際に日本語化もされると思います。
# 肝心の内容が私にはよく分からないのですが、半角スペース（＆nbsp;）の挿入ボタンと、何か、です。
お役に立てましたら幸いです。
…と書いている間に、ZeRoさんから返信がありましたね。
画像に関しては、そちらを参考にされて下さい。
）
